反滲透膜的性能下降主要原因是由于膜表面受到了污染，如表面結垢，膜面堵塞；或是膜本身的物理化學變化而引起的。物理變化主要是由于壓實效應引起膜的透水率下降；化學變化主要是由于PH值的波動而引起的，如使醋酸纖維素膜水解；游離氯也會使芳香聚酰胺膜性能惡化。
反滲透膜污染堵塞的主要原因是由于膜 面沉積和微生物的滋長而引起的。其中微生物不僅堵塞膜，并對醋酸纖維素有侵蝕損害作用。因此，在膜內必須保持一定的余氯量，但是余氯太高，又會引起膜性能下降，故在醋酸纖素膜前保持余氯0.1~0.5mg/L，而在芳香聚酰胺膜前余氯要小于0.1mg/L。反滲透膜的清洗處理是一個細致而又煩雜的工作，且多次清洗膜易損壞。為了減輕清洗工作，必須要搞好前置預處理，嚴格把好水質關。
處理方法是：定期用0.1%甲醛溶液，或100mg/L質量濃度的新潔爾滅循環(huán)清洗處理至少1h。已經污染的膜要用2%檸檬酸銨溶液 （PH=4~8）進行清洗，或用亞硫酸氫鈉、六偏磷酸鈉、稀鹽酸等來防止錳、鐵及碳酸鹽的結垢。有時也用酶洗滌劑對有機物進行清洗。清洗壓力控制在 0.34~0.98Mpa（3.5~10kgf/cm2），清洗流速為原來水處理流速的2~3倍。
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